Wird die unspezifische Abwehr geschwächt, zum Beispiel durch eine Virusinfektion oder ungünstige klimatische Einflüsse, können sich in der Folge Bakterien in der Lunge festsetzen und ihre Schadwirkung entfalten.
Im Allgemeinen übernehmen Viren eine Wegbereiterfunktion für sekundäre bakterielle Infektionen, durch die der weitere Verlauf der Erkrankung kompliziert und wesentlich bestimmt wird. Andererseits kommen auch rein bakterielle Infektionen vor. Beim gesunden Tier befördert das Flimmerepithel wie ein Fließband Fremdkörper (Staub, eingedrungene Keime) und Zellteile mit dem dünnflüssigen Schleim aus den Atemwegen heraus. Bei einer viralen Infektion werden die Flimmerhärchen quasi abrasiert, so dass diese Funktion nicht mehr erfüllt werden kann.
Die Reizung der Bronchialschleimhaut durch Viren, Bakterien oder unbelebte reizende Faktoren (Staub, Schadgase etc.) bewirkt zunächst eine verstärkte Sekretion von dünnflüssigem Bronchialschleim. Im Verlauf der Erkrankung wird das Sekret zunehmend zähflüssiger und bildet so einen idealen Nährboden für Bakterien. Die Reinigungsfunktion des Flimmerepithels wird durch den zähflüssigen Schleim stark eingeschränkt. Körpereigene Abwehrstoffe verbleiben im zähen Bronchialschleim und können ihre Abwehrfunktion nicht mehr ausüben.